海底王国的人因不满人类的核武试爆干扰他们，因而派出梅加洛毁灭地上世界，并且控制了人造机器人喷射积格坐向导，不过人类终究夺回了喷射积格的控制权，并且通知了哥吉拉来消灭这只怪兽，没想到海底人连络了外星人，

　　20世纪末，供职于若叶银行的梅泽梨花（宫泽理惠 饰）转正成为正式员工，并且刚刚从独居老人平林孝三（石桥莲司 饰）那里拿下高额的业务，风韵犹存的她颇得领导井上（近藤芳正 饰）的器重。只是梨花的内心似

　　9岁的人类少年莲（宫崎葵 配音）痛失母亲，他拒绝亲戚的照顾，独自跑上熙攘的大街，偏巧遇到了偶然来人间寻找弟子的怪物熊彻（役所广司 配音）。怪物界的宗师（津川雅彦 配音）即将转生为神，接任他位置的人

2112年新人监视官常守朱和执行官狡噛慎也与以前发生的恶性案件的幕后黑手槙岛圣护相遇。槙岛圣护动摇了维持和平的系统的根基，质疑正义的存在。最后，狡啮对他执行了自己的正义，从此消失无踪……　　2116年