在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音

奇诺（前田爱配音）是个周游列国的旅行者，她的伙伴叫“艾鲁梅斯”，是一辆会说话的摩托车。奇诺和艾鲁梅斯到各个国家旅行，每次都只在该国家待上三天，了解该国的风土人情，三天之后她便离开前往另一个地方。奇诺原

日本上空突然出現謎樣的生命體，隨機綁架地球上的女性。遭綁架的無辜女子，會全身被束縛的狀態下強制受孕後送回地球。某日，水月禮的妹妹亞美慘遭不明生物擄走，為了解救心愛的妹妹，她不得不與防衛省合作，對抗謎樣