成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　樱碧草（高木礼子 配音）只是一个普通的国中生，没想到，未来的他居然成为了喜爱小女孩的萝莉控！不仅如此，他还发明了一种能让女孩子一直保持12岁模样的怪药，因为这种药，未来的世界发生了重大混乱。无奈之

超棒的人設（每一個！！）、有趣的場設（那旅館！！）、可愛的背景（嘿嘿～）當然畫質和豪華的聲優陣容更是不能忽視的。不！這一切都不是重點！！！！謎到我想看到底大哥大姊們當初發生了什麼事情～（謎）

戎崎裕一（铃村健一配音）是一位平凡的十七岁少年，在十七年的漫长人生中，并没有发生什么特别值得记录的事情，然而，就在这一年，裕一却因为感染了甲型肝炎而住进了医院。在医院中，裕一结识了外刚内柔的护士谷崎亚