异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，

奥特兄弟：奥特曼、赛文、杰克、艾斯，为了阻止亚波人怨气的集合体最终超兽萨乌鲁斯攻击地球、也为了避免在宇宙空间展开激烈的战争，奥特兄弟与强大的合体兽进行了一番苦战。但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联..

[科学家创造了两栖超级士兵并引爆了一枚核弹。在余波中，一个怪物来到了日本，使日本毫无防备。人类唯一的希望是一个心中充满死亡的水妖。]