かわぐちかいじの同名マンガを映画化した「沈黙の艦隊」の続編にあたる物語が後半で紡がれる。

　　洪水泛滥将低地吞噬，城市毁灭，恍若末世来临。天昏地暗之际，被命名为泽布的宝宝在混乱中降生。年轻夫妇小心呵护他们的新生儿，紧急开车前往北方山丘上家人的住屋避难。然而，安稳的日子稍纵即逝，物粮渐渐短缺

　　小尼古拉（马克西姆·戈达尔 Maxime Godart 饰）深受父母宠爱，在学校也与一帮朋友玩得开心，这其中包括：想当大官的亚斯特Alceste（Vincent Claude 饰）、以后会继承父业

　　影片灵感来自圣经故事，讲述耶路撒冷的克拉伦斯为了个人利益而利用弥赛亚的影响，在探寻的过程中他走上了一条意外的道路。

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于

堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一 配音）和他的战友次元大介（小林清志 配音）、石川五卫门（浪川大辅 配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南 配音）。在此之后，鲁

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人

故事发生在远古的洪荒年代。柯南（阿诺?施瓦辛格 Arnold Schwarzenegger 饰）的父母在他小时候就被暴徒残害致死，柯南自幼就无依无靠，孤身一人长大。或许老天见他可怜，赐予了他无穷的力量