故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。

在上一集中大显神威的特工头子奥古斯塔斯（塞缪尔•杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）这次遇到了大麻烦，他和武器专家托尼在国家安全局的地下指挥中心竟遭到杀手追杀。奥古斯塔斯怀疑这些杀手是被政

克桑德（范•迪塞尔 Vin Diesel 饰）是极限运动界的明星，但他离经叛道，总是以他的身手对社会上那些败类名流发出挑战，当地警方对他也经常无可奈何。特工头子奥古斯塔斯看上了克桑德，于是派人将他抓了

在围剿斯克鲁人的战斗中，克里人星际战队成员弗斯（布丽·拉尔森 Brie Larson 饰）不幸成为对方的俘虏。斯克鲁人尝试探究弗斯的记忆，最终发现连弗斯本人都不知道的一段往事，进而也得知名为温迪•劳森

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　　漫画店打工仔Clarence Worley（克里斯汀·史莱特 Christian Slater 饰）生日的时候，在电影院邂逅了美女Alabama Whitman (帕特丽夏·阿奎特 Patrici

生化制药厂的老板Franklin（塞缪尔·杰克逊 Samuel L. Jackson 饰）提供大量资金供让Susan McAlester博士（萨弗蓉·布罗斯 Saffron Burrows 饰）研究抗