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这是一部描绘非线型历史的神话故事。
人类大战持续了将近50年，世界由此分化为大亚细亚连邦共和国和欧共体两大阵营。持久战结束后，大亚细亚连邦共和国终于取得了胜利，并统治了欧洲和亚洲部分大陆，但战利品并不可观，除了土地的荒废，人心的慌乱外，还残留了很多战争后遗症。比如一些在战场上使用过的杀伤性化学武器、细菌武器、核武器等等。
这一情形告诉我们拯救人类、拯救社会、拯救世界刻不容缓，人类处于即将崩溃的状态。怎样去面对这一切？怎样去寻找重生的道路？社会呼唤有志之士勇敢地战出来给这个被战争荒废了世界寻找一个公道。在这样危急的时刻，东博士提倡“完整地制造出人类所有器官的新造细胞”理论，这一理论在学术会上得到了认可。东博士的爱妻绿已久病卧床不起，为了把妻子从死神手中夺回来，东博士也必须完成这个研究。但社会保健部门从研究初期开始就企图独吞这一成果，为了顾全大局东博士在不断让步的情况下，着手开始这项研究。在东博士的呕心沥血的研究下，新造人类终于诞生。但原本是以拯救人类为目的制造的“新造细胞”到头来却于人类为敌，把人类赶进血的世界……
2002年10月19日，专事袭击犯罪交易现场获取高额赃款的宫本（金城武 饰），在一次行动中发现参与交易的一方居然是自己的仇敌沟口（岸谷五郎 饰），宫本的故人昔日被沟口所杀，正欲复仇的宫本却被一个突然出现的少女美里（铃木杏 饰）打乱了步骤，只得听任沟口逃离。美里自称是来自2084年的未来人。未来的世界遭到外星人袭击，躲避在西藏的幸存人类试图运用失控转移器将里美输送到2002年来改变历史拯救人类。里美的任务只剩两天时间，只好请求宫本协助她拯救世界。宫本对里美的故事嗤之以鼻，他首先要解决的敌人是有着三合会背景的沟口，然而在里美的威逼之下，宫本只好扮演起救世主……
22世纪末，被人类称作“加米拉斯”的不明外星生物盘踞火星，并持续向地球发射带有强烈放射性物质的游星炸弹，致使地球人死伤无数，濒临灭绝，被迫转到地下求生。在这紧要关头，人类组成宇宙舰队远征火星，结果几乎全军覆没，侥幸逃回的大和号成为人类最后的希望。与此同时，一个神秘装置穿越万里银河坠落地球，经检测发现该装置竟然能消除放射性物质。为了从装置的主人——麦哲伦星云伊斯坎达尔星的高智慧生物那里寻求帮助，人类决定孤注一掷，派遣大和号进行这次远征。火星之战中失去哥哥的原宇宙舰队成员古代进（木村拓哉 饰）应召归队，和一众好友成为了见证伟大历史时刻的一员。而得知人类动向的加米拉斯也发起了一波波的致命攻击……
本片根据松本零士的同名原著改编。
