反恐特战队队长钟原在执行任务中，击毙猛犸组织二号人物引来复仇。在解救妻子赵欣的行动中钟原被注射病毒倍受折磨。DK生物公司董事长江寒邀请初恋情人、生化专业高材生的赵欣及其父亲参加公司“有益菌”研究。

　　秦晓阳和唐石是从小一起长大的“铁哥们”，一次偶然事件使两人走进分属两个对决阵营。秦晓阳意外获得“密钥”并应征入伍来到以计算机信息化网络人才为主要强军目标的“天狼”特战队，在网络高手朱丽彤的配合下潜

　　杨灿（朱雨辰 饰）的父亲去世之前唯一的愿望就是能够看见儿子加入特战队，杨灿以自己的行动完成了父亲的遗愿。在特战队中，杨灿遇见了名为那敏（王力可 饰）的女教官，两人唇枪舌战，相持不下。之后，杨灿结识

因“弘皙逆案”，京师四大家族赵、王、李、薛涉及其中。李家首被抄家籍没，赵頫父子谒见弘皙，请援李家。弘皙将李家罪产藏匿于府中，并觊觎四大家族的财产，为自己事业经济支持所用。赵家被卷入皇室矛盾，如惊弓之鸟

　　1937年南京沦陷前夕，爱国学生楚香雪协同地下党男友吴兵设局刺杀汉奸，却被暗恋自己的大学同学梁冬哥无意撞破。梁不但错手杀死吴兵，更卷入一起军事泄密的惊天大案，身陷死牢。南京失守，命悬一线的梁冬哥侥

　　黑日组织在国际股市移走了500亿美元资金，企图用这笔资金进行恐怖活动经费并且栽赃中国。神鹰反恐特战队将计就计，启动R4行动。在杨灿、那敏、柳诗文等潜伏人员和厉剑锋带领的特战队员的完美配合下，粉碎了

　　H国黑日组织为了暗杀要剿灭恐怖势力的总统候选人阿巴斯部长，趁他在中国出访，派杀手刺身行刺。神鹰反恐特战队接到命令迅速出动，布下天罗地网抓捕刺身打击越境恐怖分子，最终促成两国反恐协议签署。