故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透，一天在好奇心的驱使下，在海岛上找到一块闪烁着红光的石头，上面还有一枚蛋。刚握在手里，从蛋里竟孵出一只小乌龟来，为了纪念母亲生前对他的昵称，

　　良太郎（溝口琢矢）とモモタロスたちが協力して謎のイマジンの探索をしていると、そこにイマジンに憑依（ひょうい）された海東大樹（戸谷公人）が現れる。彼はまんまと電王のパスとデンライナーを盗むことに成功

　　イマジンによる乗車チケットの盗難事件がターミナルで発生し、良太郎（溝口琢矢）とモモタロスはチケットを奪い返そうとするが、逆に深手を負ってしまう。助っ人として、幸太郎（桜田通）とテディが現われるが、

　　ある日、デンライナーが操縦不能になったとモモタロスが良太郎（溝口琢矢）に助けを求めてくる。彼らがデンライナーにかかりきりになっている間に、良太郎の姉の愛理（松本若菜）が不幸にも何者かに襲われるとい

　　2008年1月の放送終了後も根強い人気を誇る「仮面ライダー電王」の最後の戦いを描く劇場版第3弾。世間で噂の幽霊列車について調査を開始したモモタロスたちの前に、“仮面ライダー幽汽”が立ちはだかる。な