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　　地球物理学家田所雄介博士（小林桂树 饰）带领自己的团队前往深海科考，却发现海底出现异常龟裂与乱泥流，在一系列调查之后，他得出来日本列岛在一年后即将沉没的结论。可是日本政府的官员们却认为田所博士的预测只不值得相信的谎言。只有山本首相（石坂浩二 饰）认识到事态的严重性，并且委任田所的前妻鹰森沙织（大地真央 饰）为危机管理大臣，带领田所博士和他们的团队设法拯救日本。很快，从北海道开始，日本诸岛先生发生大规模的地质灾害，整个日本陷入一片恐慌。政府对于灾害束手无措，仅有的海外移居政策完全不能应对急剧恶化的态势，日本诸岛完全沉没的现实即将上演。最终，田中博士和自己的科考队员们终于找到一个可以挽救日本的方法，但这个方法的实际操作却困难重重……
　　此片改编自日本科幻小说家小松左京的同名畅销小说，该片斥资20亿日元，是近年来日本影坛投资最大、宣传最大的灾难片。

　　2010年秋，世卫组织官员小林荣子（檀丽 Rei Dan 饰）随队前往菲律宾扑灭禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自离开疫区……次年，东京都的某家市立医院，医生松冈刚（妻夫木聪 Satoshi Tsumabuki 饰）收治的一名高烧病人入院后情况急转直下，咳血而死，病人家属与部分医生亦因感染而病倒。同时，近郊一家养 鸡场内检测出禽流感病毒，场主神苍及女儿（池肋千鹤 Chizuru Ikewaki 饰）的平静生活被打破。
　　小林荣子受命至此指导防疫，旧相识松冈担任其助手。疫情迅速扩散，一月之内病亡人数达到两千，各地出现恐慌，引发国际关注，政府迅速将疫区封锁。松冈偶然之下得知病毒源头可能另有所在，国外传回的检测结果支持了他的判断，松冈决定远赴国外查找病源。在空前的疫情中，松冈、小林以及神苍每个人都将面临自己选择的考验。