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数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。
此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。
就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。
虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....
与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈（中村优一 饰），众人开启了调查。
一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。
挺身而出的G UTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。
为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼（平野宏周 饰）、伊格尼斯/黑暗特利迦（细贝圭 饰），将一同投身这场光与影的大决战！
高田玩具店老板的独生子小刚（樱井翔 饰）秉承了父辈的基因，发明出可以用来战斗的巨型机器狗“小狗侠汪汪”。他和女友小爱（福田沙纪 饰）组成正义的“小双侠”，为保护世界和平不断努力。他们的主要对手是杜伦布贼党，分别由女贼头多龙芝（深田恭子 饰）及其一胖一瘦两个随从童兹拉（小林剑道 饰）和波亚基（生濑胜久 饰）组成。多龙芝效力于盗贼之神骷髅贝，他们奉命四处寻找传说中可以实现任何愿望的骷髅石碎片。
少女翔子（冈田杏理 饰）的父亲海江田博士（阿部隆史 饰）是一位考古学家，他在寻找骷髅石的过程中突然失踪。从翔子那里得知详情的小双侠为阻止骷髅贝灭亡世界的阴谋，与多龙芝一众展开连番精彩激烈的战斗……
