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依照法律拘捕东铁集团首脑时，特搜组干警江Sir（任达华 饰）遇到神秘女子叶风（张敏 饰），开枪击落她的手掌，叶风丢下铁手掌离去，江Sir怀疑她是机器人，开始特别留意她的行踪。高杰（袁咏仪 饰）率四名助手于某夜潜入东铁集团大楼准备盗取宝物秦黄石，要到手时，遇到也为秦皇石而来的叶风，两人展开争夺，高杰携石逃走。江Sir奉命追查此案，但效果令东铁集团新首脑龙羽（黄志强 饰）与得力助手由田哲（李健生 饰）颇为不满，两人开始追杀叶风和高杰众人，但江Sir没放弃尽职尽责。追逐中，神秘的叶风和江Sir渐渐生出感情，而他们两人又与高杰和东铁集团一干人展开四角争夺战，敌我关系一时复杂难辨。
承接《潜行狙击》电视剧结局，梁笑棠Laughing（谢天华饰）谋杀苏星柏（黄宗泽饰）罪名成立，判处无期徒刑；梁笑棠在狱中结识大学教授霍天任（吴镇宇饰），教授外表斯文，与世无争，但却能以心理陷阱收服穷凶极恶的 “巨川”（林雪饰）。其实教授是高智商的犯罪心理学家，擅用冷读法，可以洞悉对方心理活动和秘密，于无声中掌控他人。
神秘女子（文咏珊饰）到狱中探望梁笑棠，其隶属比警队更高层次的保安局，原来，梁笑棠入狱是再次担当卧底角色。当日，杀苏星柏是另有其人，保安局副局长（麦长青饰）怀疑整件事跟潜藏警队中的黑警团伙有关，所以借势令梁笑棠入狱展开调查。
梁笑棠亦步亦趋主动接触狱中目标人物前毒品调查科警长“大切”（杜汶泽饰）在将要取得进展时，发现教授亦同时以心理治疗法，令“大切”多次精神错乱，直至向“大切”发出了死亡暗示。
一场敌友难分、正义与邪恶的生死对决在实力极不均衡的态势下火爆展开了。
白复国（姜大卫 饰）、汪靖国（徐少强 饰）、武安国（刘松仁 饰）三人为武林帮派错剑堂师兄弟，汪靖国与白复国争夺帮主之位不敌，遂脱离错剑堂自创一刀会生聚七年。七年后汪靖国卷土重来，在与白复国的赌命之战中施计胜出，并将后者幼子带走。
白复国之子汪宁（吴兴国 饰）在一刀会内长大成人，与同门小莲（杨采妮 饰）、阿杰（高捷 饰）友谊甚笃。汪靖国命养子汪宁北上向“杀父仇人”白复国寻仇，同时拉拢武安国里应外合夺取错剑堂。白、汪父子相见却不相认，白复国倍感寂寞放弃了生命。得悉事实真相的汪宁伤痛欲绝，选择与小莲浪迹天涯，但他最终要与曾经最亲近的阿杰、养父刀剑相见……
守正（邱淑贞 饰）是一名警察，最经，一个噩梦常常在午夜困扰着她，梦中，被残忍杀害的女子和诡异的现场成为了守正心头挥之不去的阴影。一次行动中，守正奉命追捕一名逃犯，在此过程中，对使用枪械一无所知的守正竟然精准的开枪击中的匪徒，之后眼前出现的场面让守正绝望的意识到，她的噩梦成为了现实，一场和宗教有关的连环杀人案正在城市里默默的进行着。
巫铁男（甄子丹 饰）和守正成为了此案件的负责人，他们设计企图将凶手捉拿归案，却反而遭到暗算，女警莉奥（梁思敏 饰）亦成为了牺牲品。与此同时，守正发现了多年前失踪的父亲的踪迹，这让守正开始明白，周遭所发生的一切，和自己的身份与过去有着千丝万缕的关联。
女警杨菁菁与卧底台警程傲群和中警华志勇合作缉捕中国地下兵工厂的香港党羽。
党羽首领阿Paul的妹妹Edna并不赞同兄长的行动，阿Paul的党羽阿Ben却对Edna有意，怎料Edna却一心一意恋上了恋勇。
由于傲群与志勇的背景不同，二人常常发生冲突，傲群性风流，却暗中恋上了菁菁。Paul向中国兵工厂的首领买了大批枪械，同时声东击西地派人在湾仔抢劫，以分散警方的注意力。
志勇与阿Ben争夺Edna的芳心，但Edna与Paul的关系暴露之后，Paul软禁了Edna，Edna企图报警及说服Paul报降，可惜Paul泥足深陷，最后死于傲群枪下，而傲群亦赢得了芳芳的芳心。
水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......
谭颂尧（苗侨伟 饰）和谭颂舜（陈奕迅 饰）是黑社会老大谭信天（王志文 饰）的儿子，两兄弟年幼时被父亲安排分隔两地。尧长大后接手父亲的社团，并且锐意改革，一心想走上正途，可是帮会内九叔和儿子闫国区（汤镇业 饰）却不想放弃暴利的不法勾当，并对社团老大的位置虎视眈眈；另一边，警探奎（刘德华 饰）密切关注着谭家社团的一举一动，收集犯罪证据。
谭信天被害去世，谭颂舜回到香港，他开车意外撞死九叔，在舜的女友庄晴（黄奕 饰）陪同下逃到泰国，却屡屡身陷险境，幸得亲信阿鬼（黄日华 饰）的搭救才得以生还。
接连发生的事情，让谭颂舜心生疑惑，两兄弟之间的信任备受考验，而幼时“宣武门之变”的卦象似乎正在慢慢应验......
李元霸（千叶真一 饰）辛辛苦苦经营着飞刀镖局，四十年来未曾失过一镖，靠着过硬的技术和完美的口碑享誉整个武林。李元霸对待儿子李寻欢（王杰 饰）十分严苛，从未袒露过温柔和关怀的一面，这让李寻欢内心十分痛苦，只能整日沉迷于酒精之中。一次偶然中，李寻欢遇见了风尘女子雪儿（黎姿 饰），一晌贪欢后，雪儿腹中怀上了李寻欢的孩子，李寻欢不得不将她娶回了家。
然而，婚后的李寻欢对待妻子和儿子依旧不管不顾，只是每日饮酒。随着时间的推移，孤独寂寞的雪儿开始和一个名叫金雾寒的朝鲜商人越走越近。李元霸将一个非常重要的护镖任务交给了李寻欢，只要后者能够顺利抵达目的地，便能够成为飞刀镖局的继承人。
返回香港的卫斯理再遇霍普助手，并拒绝向对方交出龙珠，第一时间赶到白公馆，白奇伟之妹白素（王祖贤 饰）是卫斯理的书迷，在白素帮助下，卫斯理取得龙珠，但是一场三方围绕龙珠的争夺战才刚刚开始……
[1996年，香港警方预备在回归前夕涤荡黑帮势力，营造法制环境，戴先生掌控的社团首当其冲在打击范围之内。是夜，戴先生社团五大堂主之一的占米被人暗杀，身中两枪生死未卜，占米之妻张桦（蔡少芬饰）远在台湾，授意保镖伍宝（余文乐饰）代理老大一职调剂各方关系，阻止老二黑水（杜汶泽饰）向其他四位堂主寻仇，咖啡（黄贯中饰）、木星、沙纸三位堂主闻风而动，在乱局中各有盘算。真实身份是警方卧底的伍宝当夜宿醉难耐，又要在短短几小时内周旋于社团、黑水与警方之间，暗恋伍宝的亚玲（江若琳饰）跟随相助，但社团混战随时可能爆发。另一方面，掌握了真凶的警方暗中布置，趁机派出内应把事件复杂化以便将社团一网打尽……]
连串黑帮老大遭绑架、勒索以及撕票，警方对此案调查毫无头绪。警队B组队长张博文（任达华 饰）曾为警队立下汗马功勋，但从其妻子遭黑帮报复被杀后，加上A组队长的排挤，他开始消极处世。警方接到报案，又一黑帮头目遭绑架，新任总警司古国强（陈法拉 饰）召集两组人马对此案展开全面侦察。由于A组队长轻敌，加之犯罪分子做案手法高明，配合严密，在一次行动中警方遭受重创。此时，在古警司的请求下，张博文带领手下仅有的两名探员开始暗中调查此案。经过慎密调查之后，张博文把犯罪分子的头目目标锁定为曾为警方督察的何湛森（苗侨伟 饰），他的手下包括多名原飞虎队成员，而何湛森绑架黑帮老大的真实目的是为其被黑帮报复杀害的弟弟的报仇……
与此同时，香港接连发生数起抢劫案。行凶者赤手空拳，手段残忍，他们正是受毒气感染发生变异的张大初等人。这一连串事件震惊全港，警方从内地请来个中高手孙皓（吴京 饰）与程秀华（张静初 饰）协助调查。而桑尼也摇身一变成为与邪恶对抗的正义使者……
