沿续上一季的剧情，穆德被印第安人朋友Albert Hosteen救了性命。X档案的编剧似乎有用不完的点子。这季内容包括了湖中水怪、能控制人意识的精神病患、唐人街上的纷争、二次大战时日本的人体实验等等。

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源-X在今年死亡

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　　1957年某晚，居住在美国加州莫哈维沙漠小镇中的天文学家泰德•刘易斯博士（艾瑞克•麦柯马克 Eric McGormack 饰）正为爱妻拉娜（乔蒂•汤普森 Jody Thompson 饰）准备结婚周